A capela e os ranchos provisórios tinham, como era de se esperar, duração limitada e curta por terem sido levantados á pressa e com material precário. Agora que os Missionários conheciam o lugar, conviviam com os índios e tinham alguma experiência, projetaram construção mais sólida e duradoura de acordo com as necessidades presentes e futuras do aldeamento. Com esse intuito, pediram ao senhor Vice-Rei licença para substituir as instalações em ruínas por outras mais sólidas e levantar uma igreja de pedra e cal. O projeto foi autorizado pelo Vive-Rei, que desaconselhou a construção da igreja utilizando pedra, por se encontrar a pedreira muito longe, o que encareceria a obra.
Em Janeiro de 1783, foi iniciado a obra e terminada dentro do mesmo ano. A igreja media 90 palmos de comprimento, 30 de largura e 22 de altura. A casa dos missionários, isto é, o chamado hospício, 53 de comprimento, 36 de largura e 25 de altura.
P. Frei Jacinto de Palazzolo